Mokykla įsteigta 1993 metais Vilniaus pedagoginio universiteto iniciatyva ir pavadinta VPU universitetine mokykla. Pirmaisiais mokyklos darbo metais veikė 6 klasių komplektai (1 – 6 klasės), mokėsi 172 mokiniai. Kasmet mokinių skaičius didėjo. 1997 metais mokykla reorganizuota į vidurinę ir jai suteiktas Simono Daukanto vardas. Nuo 2011 m. rugsėjo 1 d. Vilniaus Simono Daukanto pagrindinė mokykla pertvarkyta į Vilniaus Simono Daukanto progimnaziją.